1. 基因轉錄本亞型

蛋白質亞型或“蛋白質變體“是一組高度相似的蛋白質成員，這些成員來源于單個基因或基因家族，是遺傳差異造成的結果。雖然許多具有相同或相似的生物學作用，但一些亞型具有獨特的功能。這些高度相似的蛋白質亞型可以由可變剪切（圖1）、可變啟動子或單基因的其他轉錄后修飾形成，通常不考慮翻譯后修飾。通過RNA剪切機制，mRNA具有從基因中選擇不同蛋白質編碼區（外顯子）的能力，甚至是從RNA中選擇外顯子的不同部分以形成不同的mRNA序列，每個獨特的mRNA序列產生獨特的蛋白質。

圖1 可變剪切產生不同的轉錄本和蛋白質

1.1 可變剪切

可變剪切依據外顯子之間連接位置的不同，又可以具體細分為如下（圖2）幾種剪切方式：

圖2 不同的RNA剪切機制

2. 基因所有亞型外顯子區域獲取

樓主想研究一個基因所有外顯子區域，而不是單獨一個轉錄本的外顯子區域，因此需要獲取該基因的所有轉錄本信息，這里備選三個數據庫（NCBI、Ensembl和UCSC）供使用，以BRCA1為例。

2.1 使用NCBI數據庫獲取BRCA1基因的所有外顯子區域

2.1.1 選擇“Gene”數據庫，輸入基因名（例如，“BRCA1”），點“Search”按鈕搜索

2.1.2 根據物種（例如，“human”），點擊相應基因鏈接

2.1.3 查看轉錄本個數，點擊“GenBank”進入詳情

2.1.4 點擊“Send to”，按下圖所示選擇相應的項，點擊“Create File”創建“gff3”格式文件

如圖所示，得到BRCA1基因區域所有“feature”的物理位置，包括外顯子。

2.2 使用Ensembl數據庫獲取BRCA1基因的所有外顯子區域

2.2.1 物種選擇“Human”數據庫，輸入基因名（例如，“BRCA1”），點“Go”按鈕搜索