跟正規金融機構相比，小額貸款公司經營機制靈活，客戶準入門檻低，抵押擔保方式多樣，貸款審批效率高，手續簡便實用，資金到賬迅速，深受城鄉居民和小微企業的歡迎。但正因為小額貸款公司非正規金融機構，無論是從內生因素還是從外部環境來看，都存在著與正規金融機構無法比擬的短板制約，主要表現在以下五個方面：

（一）收入來源和融資渠道單一，盈利能力不強。從收入來源看，小額貸款公司只能經營單一品種，即專營小額信貸業務，而不能經營票據、資產轉讓、委托貸款等一些低風險業務，貸款利息收入是其唯一的獲利手段，且放貸對象多為級次比較低、風險難評估的“三農”和小微企業，貸款風險控制難度較大。從融資渠道看，小額貸款公司多吸收民間資金，從銀行業金融機構融資受到政策的諸多限制，即便能夠從銀行獲得貸款，貸款成本也很高，小額貸款公司一般都是在自身發放的貸款到期后再重新放款，資金流動性不強，從而導致其綜合收益率不高。

（二）扶持政策缺乏，發展后勁不足。一是稅負相對較重。小額貸款公司在性質上屬于一般工商企業，在稅收上也按照工商企業繳稅，包括所得稅、營業稅及附加等，一般超過收入的30%。以某小額貸款公司為例，其執行的貸款利率為基準利率的4倍，資金利用率達80%，而其年均綜合收益率只有9.3%左右，即：5.6%×4×80%×（1-25%）×（1-5.7%）-3.3%=9.37%，其中5.6%為2012年7月份后6個月貸款基準利率，80%為資金利用率，25%為所得稅率，5.7%為營業稅率及附加，3.3%為營業成本。二是不能享受涉農貸款補貼政策。金融機構發放涉農貸款可以享受國家財政補貼和地方政府獎勵，小額貸款公司卻不能，需要給予同等待遇。三是不能享受利率優惠政策。小額貸款公司在性質上不屬于金融機構，對外融資不能執行銀行間同業拆借利率，而只能依照企業貸款利率融入資金，成本偏高。同時，小額貸款公司在銀行開設的專用賬戶，只適用于一般工商企業的活期存款利率，遠遠低于金融企業同業存放利率，收益又偏低。

（三）對客戶信息查詢存在障礙，客觀上增加了信貸風險。目前，小額貸款公司信貸業務大都未加入人民銀行征信系統，無法及時查詢、了解借款人的信用信息，造成經營風險的增加，也影響了人民銀行征信系統信息的完整性。從小額貸款公司經營情況看，雖然在發放貸款上履行了擔保、抵押手續，但也存在部分手續不完善的問題，如用房屋抵押貸款，有的有房產證無土地證，有的有土地證而無房產證，為方便快捷地發放貸款，雖通過有關部門辦理了相關登記手續，但一旦發生糾紛，維護債權也有一定的障礙，增加了貸款的潛在風險。

（四）管理水平不高，風險控制存在隱患。一是小額貸款公司普遍人手少、專業技能弱，無法避免操作失誤，如貸款資料不齊全、不規范，缺少客戶重要背景資料、申請人征信資料等；二是小額貸款公司目前尚處于發展的“初級階段”，發放貸款多憑“感性認識”，比較看重企業品牌、企業家個人品質和信譽，缺乏銀行嚴密科學的風險防控體系；三是可能會為了一味追求“簡便快捷”而忽視某些必要操作，如忽略企業提供《貸款卡》，車輛不辦理過戶手續等。這些操作都可能為小額貸款公司的長遠經營留下風險隱患，極易引發法律糾紛。

（五）前景不明朗，缺乏長期的經營戰略。由股東發起成立小額貸款公司的初衷就是想轉制為村鎮銀行。按照《小額貸款公司改制設立村鎮銀行的暫行規定》，經營三年以上，最近兩個會計年度財務報表連續盈利，不良貸款率低于2%，引入持股比例不低于20%的銀行業金融機構作為最大股東，就可申請轉制為村鎮銀行。以湖北省為例，從目前情況看，還沒有一家小額貸款公司轉制為村鎮銀行。實際情況是，很難找到銀行業金融機構入股。因為銀行入股要拿出一定的資本金，不僅影響自身資本充足率，同時還要為小額貸款公司以前發放的貸款承擔風險責任，因此還不如自己申請設立分支機構。